Instalando o Cisco Packet Tracer 5.2 no Ubuntu
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2) Dê permissão de execução ao arquivo baixado:
$ sudo chmod 744 PacketTracer52_i386_installer-deb.bin
3) Execute o arquivo:
$ sudo ./PacketTracer52_i386_installer-deb.bin
4) A instalação iniciará, será exibido um contrato de licença, aperte espaço para rolar o texto. No final vai perguntar se você aceita o contrato (Y/N). NÃO RESPONDA Y/N AGORA!
5) Abra outro Terminal:
$ sudo find / -name PacketTracer-5.2-u.i386.deb
Este comando resultará no diretório onde encontra-se o arquivo PacketTracer-5.2-u.i386.deb. Deverá ser um diretório como este: /tmp/selfextract.XXXXXXX, onde os Xs representam números exadecimais.
6) Copie o PacketTracer-5.2-u.i386.deb do diretório encontrado no passo anterior para o seu desktop.
7) Volte à janela anterior do Terminal e responda ao contrato de licença da instalação do PacketTracer52_i386_installer-deb.bin. Se responder com Y vai dar erro na instalação. Se responder com N o processo de instalação é encerrado.
Ainda pelo Terminal vá ao diretório do seu desktop, onde você colocou uma cópia do PacketTracer-5.2-u.i386.deb. Instale o PacketTracer-5.2-u.i386.deb da seguinte forma:
$ sudo dpkg -i –force-all PacketTracer-5.2-u.i386.deb
9) Pronto! Packet Tracer instalado. Vá em Aplicativos > Internet > Cisco Packet Tracer para executá-lo.
Fonte: http://germanodlf.blogspot.com/2009/11/instalando-o-cisco-packet-tracer-52.html